Elyès Jouini travaille à l’interface des mathématiques, de l’économie et de la finance. Ses intérêts de recherche portent sur l’économie financière, et en particulier sur les coûts de transaction, l’hétérogénéité des croyances, l’agrégation, le risque de long terme et la structure par terme des taux d’intérêt.

Après de premiers travaux sur la théorie de l’équilibre général, il s’est intéressé à la modélisation des marchés financiers en incorporant aussi bien les dimensions économiques et financières que des dimensions relevant d’autres disciplines telles que la psychologie ou la sociologie.

Il a également quelques contributions portant sur la place des femmes dans les études et carrières scientifiques et travaille également sur l'histoire contemporaine de la Tunisie.